据南科大招生办公室介绍，南科大采用基于高考的综合评价录取模式开展本科招生，即高考成绩占综合成绩的60%，学校组织的能力测试成绩占30%，高中学业成绩占10%（3%为综合素质评价、7%由高中学业水平考试成绩折算），按考生综合成绩择优录取。
该模式不唯高考，有利于选拔具有学科特长和创新潜质的优秀学生。参加综合评价招生是考生入读南科大的唯一途径，须在4月30日之前通过网上注册报名，高考结束后参加南科大能力测试，在提前批次录取。
据介绍，2023年南科大计划面向全国24个省份招收本科生约1300人，均为理科生，新高考省份须选考物理。
